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潜伏期一般1～3周，平均9～15天，临床表现以胃肠道症状为主。急性期典型症状为暴发性腹泻，水样大便并有恶臭，可有少量黏液，但多无脓血。患者常伴有恶心、呕吐、腹胀、嗳气。腹痛常见，多在中上腹、绞痛。部分患者有低热、发冷、头痛、乏力、食欲减退等全身症状。急性期持续数天，如治疗不及时，即可能转为亚急性感染，主要表现为间歇性腹泻、腹痛、食欲减退等，可持续数月。慢性期主要表现为反复发作或持续稀便，多为周期性短时间腹泻，大便为表面漂浮黄色泡沫的稀便，恶臭，多在10次/d以下。腹胀、嗳气、厌食、恶心、但腹部绞痛少见。病程常可长达数年，儿童病例和严重感染者因长期吸收不良可导致消瘦，体重减轻，发育障碍，贫血等。如虫体侵犯胆囊和胆管时，患者表现为胆囊炎和胆管炎症状，右上腹或剑突下疼痛，恶心呕吐，发热，胆囊区压痛等。病变累及肝脏，患者以肝区疼痛，肝大伴压痛及肝功能损害为主要表现。此外，部分患者可表现为胃炎、阑尾炎等。
本病根据患者有腹泻、腹胀、上腹部疼痛或不适感，粪便恶臭，并可发现蓝氏贾第鞭毛虫等一般诊断不困难。