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患儿开始治疗的时间，剂量和2-3岁以内的维持治疗情况与其最终智力水平密切相关。尽快使血FT4和TSH恢复至正常范围，一般选用左旋甲状腺激素（L-T4)治疗。治疗开始时间应尽早。初始L-T4治疗剂量10-15μg/kg.d（约37.5～50μg/d），应在治疗2周后使FT4和TSH达到正常范围。
根据新生儿筛查结果新生儿出现超过2项的临床表现，或有股骨远端骨化中心延迟，干血滤纸片筛查TSH值明显升高（TSH初次筛查值超过30mU/L），不必等静脉血检查结果就应当立即开始L-T4治疗。若甲状腺B超发现无甲状腺或发育不良也应立即开始治疗。不满足上述这些条件的筛查阳性新生儿应等静脉血检查结果后决定是否给予治疗。
对于出生2周后FT4正常而TSH高于10mU/L的患者，多数小儿内分泌医师认为应接受治疗。对未接受治疗者，应每2-4周复查FT4、TSH观察变化趋势，如FT4或和TSH仍有异常则应尽快开始治疗。对于出生后1月内TSH始终维持在6-10mu/l的婴儿的处理方案目前仍存在争议，对这种情况的婴儿，需密切随访甲状腺功能。
要求天规律性服药，对小婴儿，L-T4片剂应压碎后在勺内加入少许水或奶服用，不能置于奶瓶内喂药，避免与豆奶、铁剂、钙剂、消胆胺、纤维素和硫糖铝等可能减少LT4吸收的食物或药物同时服用。
之后的随访L-T4维持剂量个体化，根据血FT4、TSH浓度调整。血FT4应维持在平均值至正常上限范围之内，TSH应维持在正常范围内。甲状腺发育不良、异位者需要终身治疗，其他患儿可在正规治疗2~3年停药1个月，如TSH增高或伴有FT4降低者，应给予L-T4终身治疗；如甲状腺功能正常者为暂时性甲状腺功能减低症，停药并定期随访，部分患者会TSH重新升高。如果出现TSH重新升高，需要再次开始治疗。
