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甲真菌病的诊断依据临床表现及真菌学检查（镜检和培养）而确定。本病需和以下甲病鉴别。1.银屑病甲病躯干肢体有银屑病皮损，甲板为顶针甲，甲分离，甲增厚，甲混浊，甲变色，真菌学检查阴性。2.甲扁平苔癣扁平苔癣可侵犯甲板，形成甲板变形、甲板萎缩，根据全身皮损，甲板改变及真菌学检查可以鉴别。3．慢性湿疹身体其它部位有湿疹样改变，常侵及掌跖、指、趾，甲板灰暗，有纵横嵴沟，真菌检查阴性。4.白甲症表现类似浅表白色甲真菌病，但表面光滑，白色云雾样改变见子甲板中，真菌检查阴性。5.先天性厚甲病有家族史，自幼发病，甲板变厚、混浊，但甲板光滑，真菌检查阴性。