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诊断
Crohn病临床诊断比较困难，以往确诊往往在手术后。
1.术后病理确诊标准必须具备显微镜下5项特点中4项方可确诊：
(1)节段性全壁炎。
(2)裂隙状溃疡。
(3)黏膜下层高度增宽(水肿，淋巴管，血管扩张等所致)。
(4)淋巴细胞聚集。
(5)结节病样肉芽肿(非干酪性上皮样肉芽肿)，并且肠壁及肠系膜淋巴结无干酪样坏死。
2.临床诊断标准 目前尚不统一，具有典型的临床表现，符合以下情况者应考虑小肠Crohn病：小肠节段性慢性炎症表现，X线钡剂造影有典型的Crohn病征象或病理组织(包括活检取材或手术取材)有肉芽肿，中心无干酪坏死。
有以下情况者，应考虑结肠Crohn病：结肠节段性慢性炎症表现，伴有小肠Crohn病者，X线或结肠镜下有典型Crohn病表现，组织病理有肉芽肿，中心无干酪坏死。
关于具体诊断标准，国内，国外均有各种不同的建议，现推荐以下两种供参考。
(1)①临床症状典型者。
②X线表现有胃肠道裂隙状溃疡，鹅卵石征，假息肉，多发性狭窄，瘘管形成等，病变呈节段分布，CT可显示肠壁增厚的肠襻，盆腔或腹腔的脓肿。
③内镜下见到跳跃式分布的纵形或匐行性溃疡，周围黏膜正常或增生呈卵石样或病变活检有非干酪样坏死性肉芽肿或大量淋巴细胞聚集。
若同时具备①和②或③临床上拟诊为Crohn病，鉴别诊断有困难时应手术探查获取病理诊断。
(2)①非连续性区域性病变。
②铺路石样表现或纵行溃疡。
③全壁炎。
④非干酪性上皮样肉芽肿。
⑤裂隙状溃疡。
⑥肛门病变。
注：具备①②③者为疑诊，加上④或⑤或⑥可确诊，或具备④，加上①②③中任何两项为确诊。
鉴别诊断
1.小肠及回盲部疾病
(1)急性阑尾炎：一般腹泻少见，右下腹痛比较严重，压痛及肌紧张更明显，发病急，病程短，有发热，血白细胞增加，但有些病例仍难准确地鉴别，当可疑急性阑尾炎，病情重且持续时，应剖腹探查，以免阑尾坏死或穿孔造成更严重后果，腹部CT扫描有助于两者的鉴别。
(2)肠结核：与本病不易鉴别，X线表现也很相似，在其他部位如肺部或生殖系统有结核病灶者，多为肠结核，结肠镜检查及活检有助鉴别，如仍不能鉴别，可试用抗结核治疗，如疗效不显著，常需开腹探查，经病理检查才能诊断，病理检查中，结核病可发现干酪性肉芽肿，而Crohn病则为非干酪性肉芽肿。
(3)小肠淋巴瘤：腹泻，腹痛，发热，体重下降，疲劳感更为明显，更易发生肠梗阻，症状多为持续性，恶化较快，腹部肿块与Crohn病比边界较清楚，较硬，一般无压痛，可有浅表淋巴结和肺门淋巴结肿大以及肝，脾明显肿大，X线及小肠镜检查可发现肠腔内肿物及溃疡，小肠活检有助于诊断。
(4)十二指肠壶腹后溃疡：十二指肠Crohn病常与消化性溃疡的症状和X线表现相似，但Crohn病的疼痛不如十二指肠溃疡有规律，纤维内镜检查及活检有助于诊断，制酸剂治疗对消化性溃疡有效，而对Crohn病则无效。
(5)非肉芽肿性溃疡性空肠回肠炎：腹痛和腹泻是此病的突出表现，体重下降，吸收不良和低蛋白血症更为明显，小肠活检病变为弥漫性，绒毛变平和增厚，基底膜炎症浸润，黏膜溃疡。
2.结肠疾病
(1)溃疡性结肠炎见表2。
(2)缺血性结肠炎：为血管供血障碍所致，多见于老年人，起病较急骤，多先有腹痛，继之腹泻便血，病程为急性过程，结肠镜及钡灌肠造影有助于诊断。
(3)结，直肠结核：较回盲部少见，其特点见回肠，小肠结核。
(4)阿米巴肠炎：寻找阿米巴原虫有助于诊断，但慢性阿米巴肠炎难以找到阿米巴原虫，据报道，血凝试验是诊断阿米巴肠炎的有用方法。
(5)结肠淋巴瘤：参见小肠淋巴瘤，通过结肠镜及其活检一般可明确诊断。
(6)放射性结肠炎：与放射部位相一致，病变程度与放射量有关。