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各种动物感染本病的潜伏期不完全一样。牛的潜伏期为2～4天，最长达1周;猪的潜伏期为1～2天;羊的潜伏期为7天左右。
1.潜伏期 人的潜伏期为2～6天，人体发病过程和易感动物十分相似，表现为体温升高，口腔发热、口干、口腔黏膜潮红，出现水疱。手足部位的皮肤亦出现水疱。
2.前驱期 病状不明显，常表现为全身不适、疲乏、伴有口腔、舌咽局部充血和颈淋巴结肿大。常为轻微头痛、不适及发热。
3.发疹期 病毒侵入处出现原发疱疹，体温可达39℃伴头痛、恶心、呕吐、腹泻，少数可至低血压、心肌炎等。在指端皮褶和指掌面有蜇刺感和烧灼感，发生水疱的先兆为指掌部。有时口腔黏膜也可发生水疱，口腔内形成的水疱则凸出而饱满，周围有充血区，初发时水疱液澄清而呈微黄色，原发性水疱消退后5天内还会出现继发性水疱。足部、掌跖部，因皮肤较厚，发生的水疱平坦。口腔水疱影响饮食吞咽。
4.恢复期 高热数天后进入此期多数患者如能及时对症治疗，常可在2周内完全康复，无后遗症，婴幼儿和体弱儿童和老年患者，可有严重的呕吐、腹泻、心肌炎、循环紊乱和继发感染。如不及时治疗可招致严重的后果。
结合流行病史及当地动物发病情况和接触史及患者发病特征，作出疑似诊断，确诊需依据病毒分离和血清学证据。