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氯喹主要对疟原虫的红内期起作用,可能系干扰了疟原虫裂殖体DNA的复制与转录过程或阻碍了其内吞作用,从而使虫体由于缺乏氨基酸而死亡。本品能有效地控制疟疾症状发作。对红外期无作用,不能阻止复发,但因作用较持久,故能使复发推迟(恶性疟因无红外期,故能被根治)。对原发性红外期无效,对配子体也无直接作用,故不能作病因预防,也不能阻断传播。临床发现有相当一部分恶性疟原虫对本品产生了耐药性,使本品疗效降低,因此在很多情况下需改用其它抗疟药或联合用药。