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1.急性肾盂肾炎 亦有腰痛、发热以及尿频、尿急、尿痛症状，与肾、膀胱阿米巴病的症状相似。但本病为女性常见病，既往无阿米巴痢疾和肝脓肿病史。无米汤样尿或果酱样尿症状，腰腹部未触及肿块。尿沉渣涂片及细菌培养均为致病细菌，而无阿米巴滋养体发现。
2.脓肾 主要表现为反复发作的腰痛，常伴尿频、尿急、尿痛，有时有脓尿。尿常规检查有大量脓细胞，尿液培养阳性，但无果酱样尿。尿中亦无腐肉样组织，尿液和脓肿穿刺抽出脓液中无阿米巴滋养体或包囊。可与肾阿米巴病鉴别。
3.肾结核 也表现为反复的尿频、尿急、脓尿、血尿伴有低热和消瘦，也可有米汤样尿。但病人常同时有肺结核病史。尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌但无果酱样尿，找不到阿米巴滋养体或包囊，也无腐肉样组织。IVU可见肾盂肾盏边缘模糊，有虫蚀状改变。红细胞沉降率(血沉)增加。可与肾阿米巴病鉴别。
4.肾周围炎和肾周围脓肿 也表现为发热、腰痛，腰椎向患侧弯曲，肢体活动受限，有时可伴尿频、尿急、尿痛。与肾、膀胱阿米巴病的症状相似。但病人无阿米巴病感染史，无果酱样尿，尿中亦无腐肉样组织，脓肿穿刺抽出脓液中无阿米巴滋养体或包囊。
5.肾肿瘤 有时也可表现为发热、腰痛及肉眼血尿，体检时可扪及肾脏肿块。但患者无果酱样尿，尿中亦无腐肉样组织，尿液和脓肿穿刺抽出脓液中无阿米巴滋养体或包囊。B超及CT检查对诊断有帮助。可与肾阿米巴病鉴别。
6.阴茎癌 亦有阴茎头部溃疡，且表面有脓血性分泌物，与阴茎阿米巴病的表现相似。但阴茎癌多有包茎或包皮过长，发病早期表现为阴茎头部丘疹、疣状物，以后发展为菜花状，继而局部糜烂形成溃疡，活组织检查可确定诊断。
7.阴茎放线菌病 可见阴茎部多发性溃疡及血性分泌物，与阴茎阿米巴病有相似之处。但本病阴茎头溃疡较表浅，表面肉芽呈紫红色，边缘隆起，底部有血清渗出。分泌物镜检可发现“硫黄颗粒”。局部活组织检查可见肉芽肿性结构，有颗粒状菌块，但找不到阿米巴滋养体。
8.急性膀胱炎 也表现为尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状。但无米汤样尿、果酱样尿，尿中也无腐肉样组织，尿液检查中找不到阿米巴滋养体及阿米巴包囊。可与肾、膀胱阿米巴病鉴别。
9.膀胱结核 也表现为尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状。但病人常有肺或肾结核病史，无果酱样尿，尿中也无腐肉样组织。尿液检查找不到阿米巴包囊。IVU可见肾实质破坏性改变。