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由于结石使尿液停滞，易合并感染。与此同时，结石作为异物也会导致感染。感染会加速结石的生长和肾实质的损害。这会造成严重的肾功能损伤的恶性循环。移除结石前，感染不易控制。严重者可并发菌血症或败血病，甚至危及病人生命。如果广谱抗生素的治疗效果不好，需要进行细菌培养和药敏试验，根据检测结果找出致病菌和对致病菌敏感的抗生素，然后选择敏感抗生素进行治疗。这样的治疗效果很好。所有结石病人都必须检查尿细菌，如果需要，应进行尿培养。培养方式如下:
如果尿中细菌检测呈阳性，或者尿液培养显示有细菌生长或怀疑有细菌感染，则应该先用抗生素后再取石。
对于采集系统严重阻塞及感染的病人，需要接受输尿管支架植入或经皮肾瘘。患者上尿路结石梗阻并发感染，尤其是急性炎症期，不能挤压，否则容易发生炎症扩散甚至败血症。首先必须控制感染，而且这样的病人很难单独使用抗生素，因此不能用输尿管镜取石。通过皮肾微穿刺造瘘，在阻塞处排出尿道，炎症减轻，可使炎症得到控制，避免感染和阻塞进一步导致肾功能受损。
肾瘘的应用对体外冲击波碎石术和内镜碎石术的适应证有一定的推广，减少了并发症，提高了成功率。两者合用治疗上尿路结石梗阻合并感染。
泌尿系真菌感染合并结石是临床治疗的难点。经常会出现广谱抗生素过量使用的情况。如果出现尿道真菌感染，应积极使用敏感的抗真菌药物。但是，抗真菌药物的全身性使用毒性较大，可加重肾功能损害。局部注射抗真菌药是控制上尿路结石合并真菌感染的有效手段。
