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男生殖系结核的诊断一般并不困难，主要是根据上述的临床表现和阴囊部位体检和直肠指检。前列腺和精囊的肿大不规则，有结核结节，以及附睾部的结节和输精管的增粗串珠等体征均可确立诊断。附睾病变而与阴囊粘连并溃破形成慢性窦道者，则更能明确为结核病变。少数诊断不能明确者可作精液培养或涂片检查结核杆菌，以及前列腺液结核杆菌检查，虽阳性结果机会较少，但这一检查仍有参考价值。X线检查有时可见前列腺部有钙化现象。精囊造影虽可显示输精管、精囊病变，有输精管狭窄梗阻，精囊显影不规则、扩张、破坏等变化，但往往这些病例由于病变梗阻而使造影剂不能通过，显影不成功，因此实际应用价值不大。
诊断男生殖系结核时，必须重视与泌尿系的关系。可能同时存在肾结核而未出现泌尿系症状，男生殖系结核是唯一的线索。因此都需要常规作尿结核杆菌的各种检查，必要时作泌尿系的系统性检查，得以明确。