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硼砂有毒，硼砂对人体健康有很大的危害，人体对少量的有毒物质可以自行分解从而排出体外，但硼砂进入体内后经过胃酸的作用会转变为硼酸，硼酸在人体内会有积存性，虽然每次的摄取量不多，但会在人体内累积，损害消化道的酶的作用，会引起消化不良、食欲不振、抑制营养素的吸收，促进脂肪进行分解，从而导致体重减轻，若是急性中毒会引起呕吐、腹泻、红斑、循系统障碍、休克、昏迷等等硼酸症的现象。
硼砂中的硼元素对细菌的DNA合成有抑制作用，但也会对人体内的DNA也会造成伤害。硼是人体限量元素，不能摄取过多，如果人体摄入过量的硼，会引发多脏器的蓄积性中毒。硼砂的成人中毒剂量为1一3克，成人致死量为15克，婴儿致死量为2-3 克。因此我国《食品卫生法》和《食品添加剂卫生管理办法》，明令禁止硼砂作为食品添加剂使用。但由 于硼砂对于口感食品要求较高的食品，特别是部分肉制品能显著提高其‘品质’，而且由于硼砂之防腐性能较弱，还是会被大量使用。不是长时间的接触，就不要紧。但如果长时间接触硼砂还是要做好防护措施。
硼砂本身是有毒的，不可以内服，不可以食用，否则就会引起中毒反应。但是硼砂可以起到清热解毒的功效，还可以消除人体的肿痛，所以常被人们用来配制成一些外用药或者眼药水进行外用，即使是外用也要注意严格按照医生的医嘱，不能自己随意的添加药量，因为外用药用多了对人体也没有好处。另外因为硼砂还有防腐的作用，许多防腐剂中就添加有这种东西，如果超标对人体也有害。
