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1.病原学检测
(1)涂片检测衣原体包涵体：近年有报告用Papanicolaon染色法检测沙眼衣原体包涵体，敏感性83%，方法简便，是最常用的筛选方法，可用于高危人群的筛选。
(2)细胞培养法：认为是检测沙眼衣原体的金标准，但费时，且要求一定的设备技术条件，难作为临床常规检测手段。
2.分子生物学方法 原位杂交法检测宫颈或直肠活检标本中沙眼衣原体DNA。亦可用PCR法检测，可明显提高检测敏感性，且可用于鉴定其种及血清型，可用于诊断、疗效判断及流行病学调研，此方法检出率高于其他方法(表1)。亦有报告用热启动聚合酶链反应(hot start PCR，HSPCR)，可明显降低非特异性扩增，减少假阳性反应。
PCR法可用于本病的诊断，亦可用于治疗后疗效的评价，但须注意在停药后疗效随访时，发现有的用直接免疫荧光法查抗原已为阴性，但PCR法仍为阳性，可能为残留部分病原DNA于体内，不表示有病原体存在。
组织学上，沙眼衣原体虽然只侵袭结膜上皮细胞，但病理改变却达深层组织。病变早期首先表层上皮细胞变性脱落，深层增生，基质层新生血管形成，纤维组织增生，炎症细胞浸润，形成乳头。浸润的淋巴细胞聚集形成滤泡。滤泡中心变性坏死及有吞噬的细胞碎片，特别是核碎片的巨噬细胞，称为Leber细胞。活动期沙眼的结膜标本作免疫组化研究时发现：结膜上皮浸润的炎症细胞主要是多形核粒细胞、巨噬细胞、T淋巴细胞及树突状细胞;基质内浸润的炎症细胞主要是B淋巴细胞形成的淋巴滤泡、弥漫浸润的浆细胞及散在浸润的B淋巴细胞、树突状细胞、T淋巴细胞、巨噬细胞及多形核粒细胞。
