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原发性儿童肾小管酸中毒属于遗传性疾病范畴，与基因突变有关，目前尚无有效的预防方法。而继发性肾小管酸中毒则是由其他疾病，早期发现并及时治疗原发病有助于预防肾小管酸中毒，具体预防措施如下：
1、羊水穿刺：先天性小儿肾小管酸中毒是一种常染色体隐性遗传疾病，如果患有家族病史，这种情况下只能胚胎时期进行羊水穿刺，进行DNA等基因方面的诊断。
2、科学运动：女性在羊水穿刺过程中，如果发现有DNA基因异常，应该要加强运动锻炼，可以参加跑步、跳绳、排球等运动项目，以保证每周有3~5天的有氧运动。
3、合理膳食：合理膳食，三餐规律，根据离子紊乱情况合理调整饮食结构。饮食上一定要避免食用蛋糕、糖果、蛋黄等一些强酸性食物，最好以清淡、易消化类食物为主，可以适当吃新鲜的水果和蔬菜，合理安排每天肉类的摄取量。
4、治疗原发病：继发性肾小管酸中毒往往与原发病有关，平时应该要注意预防泌尿系炎症性疾病，在医生指导下服药，避免滥用肾毒性药物，预防药物所造成的肾功能损害。
小儿肾小管性酸中毒的原因有很多，一种是由于常染色体隐性遗传，另一种则是小儿抵抗力低下而导致的。为了避免小儿肾小管酸中毒，准妈妈在怀孕期间要去医院对染色体进行检查，查看隐性遗传的风险系数，另外还要给补充营养物质，提高免疫力。
