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慢性肾盂肾炎的发病通常比较隐蔽，其症状不如急性肾盂肾炎显著，但是其病程往往较长，而且经常会反复发作，成为治疗过程中的一个难题。究其根源，可能有多种不同情况，所以要根据具体的复发原因，而采取正确的对策。
1.导致慢性肾盂肾炎的诱发因素没有消除。引起慢性肾盂肾炎的原因可能是其他一些病症，例如尿路系统在结构或功能上有异常，长期梗阻，尿流始终不畅，这样就影响了致病细菌的排出；再例如，可能患者还长期患有其他慢性炎症，像扁桃体炎、宫颈炎等，这些炎症可以使肾盂肾炎经常复发。所以只有先把这些诱发因素彻底治好，才能从根本上避免慢性肾盂肾炎的复发。
2.发生疾病的肾盂、肾盏以及肾乳头部位，如果出现了瘢痕和变形，则会导致病灶处血流情况不佳，致使抗菌药物在此处浓度不足，无法杀灭病菌，同时血流不佳还难以运走病菌，导致病菌在此容易潜伏。对策是可以用大剂量的抗菌药物，并且延长疗程，如果病菌还是难以清除，可再改为长疗程、低剂量的疗法。
3.还可能是治疗方案不当或者患者执行不好。治疗的抗菌药物可能选择不当，也可能疗程和剂量不足，如果疗程内没有完全清除病菌，条件合适时很容易反复，而且长此以往病菌还产生了耐药性。
肾盂肾炎反复发作是治疗中的普遍难题，以上归纳的几种原因和应对方法是经常出现的情况。在具体治疗时首先要找准根源，消除相关因素，防止肾盂肾炎反复被诱发；或者制定足够的疗程、采用合适的抗菌药物与剂量，彻底地清除病菌、防止复发。