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吸痰术在临床上经常采用，常常因为患者痰液太浓或太多卡住不易咳出而采取，但在采用吸痰术后，人们身上也可能出现以下几种并发症。
主要并发症包括
(1)低氧血症：多数带有人工气道的病人需接受不同程度的氧疗，也就是说，为维持动脉氧分压，吸入氧浓度较高的气体是需的。吸痰时，吸痰管插入气道，负压抽吸将肺内的富氧气体吸出，而从吸痰管周围卷入的气体是氧浓度较低的空气，结果容易导致低氧血症。对于低氧血症较严重的危重病人，低氧血症的恶化往往会威胁病人生命。
吸痰导致的急性低氧血症往往表现为心率改变。多数病人表现为心动过速，重新吸入高浓度氧气后，心率逐渐降低。少数病人表现为心动过缓。在吸痰过程中，心率及心律的任何改变均应考虑与低氧血症有关。
吸痰前通过吸入氧浓度(预充氧)，提高机体内氧贮备是防止低氧血症的重要措施。另外，利用Y型接管，使吸痰时不中断氧疗(不脱开呼吸机或氧疗系统)，使负压抽吸时，从吸痰管围卷入的气体仍然为氧浓度较高的气体，可一定程度上防止低氧血症。
(2)心律失常：吸痰过程中发生的严重心律失常，主要与低氧血症引起心肌缺氧或气管粘膜受刺激后导致迷走神经兴奋有关。两因素哪个更为重要目前尚不清楚。抽吸过程中出现的室性早搏等严重心律失常，可能与两因素均有关，而明显的心动过缓主要由迷走神经兴奋引起。如操作适当，可减少心律失常发生的可能性。
(3)低血压：吸痰过程中常常发生血压降低，可能与迷走经兴奋引起心动过缓有关，也可能与连续咳嗽有关。吸痰管刺激气管粘膜或隆突，引起气管或隆突反射，使病人出现阵发性咳嗽样动作，并伴有心动过缓，导致静脉回流和心输出量均明显降低，结果出现低血压。
(4)肺萎陷或肺不张：负压抽吸时，如吸痰管周围没有足够的空气卷入，容易导致肺萎陷或肺不张。吸痰管直径过大(超过人工气道内径一半)或负压过大时易于发生。因此，选用适当直径的吸痰管，并采用合适的负压是有必要的。