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1.在新鲜涂片上可见阿米巴原虫20～40µm，有活动的伪足。HE染色时，可见到大的胞体，胞浆中含有细小的粉红色颗粒。通过观察胞浆中内吞的红细胞，可以区分阿米巴原虫是否处于致病的滋养体期。当怀疑有肠道阿米巴病时，应当进行粪便检查。
2.阿米巴病的血清学检查在临床上应用不多，因为血清抗体反应常常在阿米巴侵入组织后数周才会出现。无症状携带者抗体检测常常阴性。检测方法有间接血凝、免疫荧光抗体及酶联免疫吸附试验等。血清中抗体效价在痊愈后会持续数月至数年，故可用于协助诊断和流行病筛查。
组织病理检查：从溃疡边缘的皮损部位刮片和组织切片取材检查。