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可能导致过敏及自体免疫问题。食物过敏通常为消化系统不佳所造成。当消化系统功能正常时，可以排除未能适当分解为小分子的食物。当人体未能完全消化健康食物时，循环系统会吸收这些大于正常食物的分子，而当这些未完全消化的食物分子进入血液时，免疫系统将视这为异常访客待之，并展开攻击，一旦免疫系统发动攻击，人体即发生与食物相关的过敏反应(其徵状之范围极广)。在消化系统运作正常时，食物能充分分解。在消化系统不良或肠壁通透性太高时，人体才会有食物过敏症状。
常见的过敏性食物包括核果，蛋，牛奶，大豆，麦，鸡，鱼，贝类及软体动物。而在一项调查后发现，高达91%食物过敏是由4种食物引起--核果(43%)，蛋(21%)，牛奶(18%)，及大豆(9%)。
对单一食物之过敏极为常见，所以为了克服某一特定食物之过敏，首先必须确认造成过敏反应的食物。然后在一段时间内，先是避免摄取该食物，然后再少量引入，此一技术称为“食物试验”。如果过敏再度发生，且反应强烈，就必须再度自饮食中排除该食物，以后再逐渐引入，最后不是克服了食物过敏，便是确定永远无法容忍该项食物。