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再生障碍性贫血治疗极为困难，预后较差，预防本病的发生十分重要。对继发性患者来说，关键是剔除导致再障的病因。
1.化学物质 化学物质尤其是药物，是导致再障的最常见因素，所以必须注意合理用药。尽可能避免应用氯霉素、解热镇痛药等。严格掌握对造血系统有损害的药物的应用指征，防止滥用对造血系统有损害的药物，同时在使用过程要定期观察血象。避免接触苯等有害化学物质。
2.加强防护措施 接触损害造血系统毒物或放射性物质时，应加强各种防护措施，患者应尽可能减少放射诊断治疗次数，避免过多照射发生，并定期进行血象检查。
3.防治病毒感染 大力开展防治病毒性肝炎及其他病毒感染。病毒感染与再障发病有密切关系，最常见的是肝炎病毒。再障多继发于非甲非乙型肝炎，而与甲型肝炎无联系。临床发现有些再障患者发病前有感冒病史，说明部分再障可继发于普通感冒之后。因此，加强体育锻炼，注意饮食卫生，保持心情舒畅，劳逸结合，增强机体抵抗力，防止感染继发再障。