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临床表现多种多样，大体上类似于其他的兼性革兰染色阴性杆菌。可表现为皮肤、软组织、呼吸道、泌尿道、中枢神经系统、胃肠道和其他的器官的感染。
1.败血症 多发生在老人或新生儿中，有时伴有其他细菌混合感染。在成人和儿童中常伴发热，并多有寒战。患者热型不一，可为稽留热、间歇热、弛张热等。可伴低血压或休克。患者多表现为白细胞增多，也有少部分患者表现为白细胞减少。偶尔报道有血小板减少症、出血、黄疸、弥散性血管内凝血者。大多同时有皮肤症状，如紫癜、出血性水疱、脓疱疮等。
2.下呼吸道感染 患者一般均有严重基础疾病尤以慢性阻塞性肺病及支气管肺癌为多。感染者常已在使用抗生素，并常有各种因素所致的免疫能力低下如使用免疫抑制剂、激素应用、化疗放疗等。诱发因素：以安置呼吸机最多，其他有气管切开、气管插管、胸腔穿刺、动静脉插管、导尿、全身麻醉等。可有发热甚至高热，多有咳痰，痰液可为白色、脓性或带血丝，但在老年人中症状较少甚至无症状。可有呼吸急促，心动过速。感染可以表现为支气管炎、肺炎、肺脓肿、胸腔积液。休克和转移性病灶少见。X线表现不一，可以是叶性、支气管炎性、空隙性或混合性，可以为单叶病变、多叶病变或弥漫性双侧病变等。
3.伤口感染 常见于烧伤创口、手术切口的感染。随着各种手术的开展，几乎各处都可有该菌感染，尤以胸骨纵隔和脊柱后方相对多见。
4.软组织感染 在社区中感染的常见形式，如指甲下血肿、摔伤后软组织感染。
5.心内膜炎 危险度最高的是静脉药瘾者、人工瓣膜术后、心脏手术后患
6.腹部感染 由于该菌的迁徙或肠道穿孔到达腹膜或其他脏器而发病。目前胃肠源性的感染中该菌渐受重视，尤其在肝移植相关性感染者中更为多见。其他如肝的气性坏疽，急性气肿性胆囊炎和逆行胰胆管造影术后败血症，胆石淤积所致间歇梗阻的急性化脓性胆管炎，不伴腹水或穿孔的继发于小肠梗阻后的腹膜炎等。
7.泌尿道感染 从无症状性细菌尿到肾盂肾炎均有报道。
8.中枢神经系统感染 阴沟肠杆菌可引起脑膜炎、脑室炎、脑脓肿等。
9.眼部感染 眼部手术是常见诱因，白内障手术多在老年人中进行，因而成为此类感染常见原因。
根据各系统的临床表现、实验室检查等可判断感染发生的部位，细菌培养到阴沟肠杆菌为确诊依据，应注意免疫力低下的患者感染的临床表现可不典型。阴沟肠杆菌感染应注意与其他革兰阴性杆菌感染相鉴别，确诊需培养或涂片检测到阴沟肠杆菌。