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新生儿的先天性弓形体感染应与一些病毒感染(如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒)和其他感染(如结核、梅毒、获得性免疫缺陷综合征)性疾病相鉴别，还应与视网膜母细胞瘤、脉络膜缺损、永久性原始玻璃体增生等相鉴别。
根据临床表现，单纯疱疹病毒所致的视网膜炎与弓形体所致者易于鉴别。但巨细胞病毒引起的先天性活动性视网膜炎或在免疫缺陷的患者引起的视网膜炎有时不易鉴别，血清学检查和尿液检查有助于鉴别诊断。
复发性眼弓形体病有时与匐行性脉络膜视网膜炎相似，在陈旧性病灶周围出现新鲜的视网膜脉络膜病变。但匐行性脉络膜视网膜病变往往在视盘周围出现螺旋状的脉络膜视网膜瘢痕，不伴有眼前段和玻璃体的炎症反应。此外，复发性弓形体视网膜脉络膜炎还应与单纯疱疹病毒、带状疱疹病毒、巨细胞病毒等所引起的视网膜炎、真菌性视网膜炎、败血症性视网膜炎、类肉瘤病、梅毒、结核等所致的视网膜炎相鉴别。
猫抓伤病常表现为神经视网膜炎，血清学检查和测定特异性抗体有助于鉴别诊断。猫抓伤病有时可引起前房积脓，而眼弓形体病一般不会引起此种改变。
如患者出现单个大的隆起的视网膜脉络膜炎性病变，应考虑与弓蛔虫所致的视网膜病变相鉴别。特异性抗体检测对诊断可能有帮助，间接眼底镜检查寻找周边部脉络膜幼虫的行迹对诊断也有帮助。
眼弓形体病引起的点状外层视网膜病变应与急性后极部多灶性鳞状色素上皮病变、点状内层脉络膜病变、多灶性脉络膜炎、弥漫性单侧亚急性神经视网膜炎等相鉴别。