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病因尚不十分明确,通常认为系基因缺陷性,常染色体隐性遗传性疾病,由单基因或多基因异常突变所致。常染色体隐性遗传只有致病基因在纯合状态下(rr)才发病,在杂合状态(Rr)由于有正常的显性基因R存在,所以致病基因r的作用不能表现出来,但这样的个体虽不发病,却能把致病基因r传给后代,成为携带者。具有遗传因素的后代,胰腺囊性纤维性变的发生概率高达25%,男女总概率相等。本病几乎可占尸检的2%~4%。