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甲硝唑是一种用途广泛的药。最初，只是用于治疗阴道滴虫病，因效果显著而被称之“灭滴灵”。后来，广泛用于预防和治疗厌氧菌感染。近些年，由于它在抗厌氧菌方面的强大作用，成为治疗多种常见疾病的多面手。而在不同部位疾病的选择上，甲硝唑有它最适宜的剂型。
妇科滴虫感染。甲硝唑对阴道滴虫有直接杀灭作用。用法是：1%乳酸或5%醋酸冲洗阴道后，给予甲硝唑泡腾片200毫克，阴道置入，每晚1次，连用1周。反复发作的患者还可配合口服或输液用药。甲硝唑栓剂同样可用于这种疾病。
口腔炎症。研究显示，成年人牙周炎时，约75%为革兰氏阴性厌氧菌所致。治疗慢性牙龈炎，可口服甲硝唑0.4克，每日3次，一周为一疗程。起效更直接的剂型是甲硝唑口颊片和甲硝唑含漱液。与硫酸锌制成复方甲硝唑溶液还可以治疗口腔溃疡。
消化性溃疡。甲硝唑能使胃黏膜上皮细胞及其分泌功能改善，增强胃的黏膜屏障和黏液屏障，因此可用于治疗胃溃疡和十二指肠溃疡。用法：口服每次0.4克，每日3次，疗程4周。
皮肤感染。甲硝唑可杀灭引起炎症性痤疮的厌氧菌——痤疮棒状杆菌，故对其有效。用复方甲硝唑霜(甲硝唑2克，硫磺5克，地塞美松5毫克加单纯霜至100克)治疗痤疮，效果很好。
虽然甲硝唑有非处方的剂型，但也不能忽视它的副作用和不良反应。消化系统不适最常见，可能出现味觉异常，产生金属味、口酸、口干，以及厌食、恶心、腹泻、腹痛等症状。不过，这些症状通常在停药后很快就能消失。需要提醒的是，服甲硝唑不能饮酒，否则会出现颜面潮红、呼吸困难、恶心呕吐等。