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结直肠子宫内膜异位症与结直肠肿瘤及炎性病变有某些共同点，临床上常需加以鉴别。
1.结直肠肿瘤结直肠肿瘤的以下特点有助于鉴别：①好发年龄偏大;②很少有不育及月经异常史;③病程较短;④常伴有体重减轻、恶病质、腹水等晚期肿瘤症状;⑤症状程度与经期无密切关系;⑥钡剂灌肠发现充盈缺损范围较小，边缘不规则但清晰，黏膜破溃。
应强调的是，受侵的肿块应做病理检查以明确病变性质，术中发现的直肠肿块也应作冰冻切片检查，不可随意诊断为直肠癌而作腹会阴联合切除术。国内外均有误将直肠子宫内膜异位症误认为是直肠癌而作腹会因阴联合切除术的报道。
2.结直肠炎性病变结直肠炎性病变的下述特点有助于鉴别：①常有发热、体重减轻的病史;②白细胞计数增高;③大便常规检查及细菌培养检查有异常;④钡剂灌肠检查见较长的充盈缺损，边缘不整齐，黏膜变形，与正常部分分界不明确。