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中毒性休克综合征类似Kawasaki综合征,但可根据临床表现予以鉴别。Kawasaki综合征一般发生于5岁以下的儿童,不引起休克,氮质血症或血小板减少,皮疹为斑丘疹。其他还应考虑鉴别的有猩红热,Reye综合征,葡萄球菌性烫伤皮肤综合征,脑膜炎球菌菌血症,落矶山斑疹热,钩端螺旋体病和病毒性出疹性疾病。这些疾病可根据特异性的临床表现,培养和血清学试验加以排除。