Reiter综合征的病因及发病机制至今仍不甚清楚，目前大致可归纳为以下几种假说：
1.感染学说 因Reiter首次报道的病例血中分离出螺旋体，故Reiter当时怀疑本征是螺旋体所致的感染性疾病。罹患本征者多为青年男性，且常先有尿道感染征状及不洁性交或治游史，故后来有人怀疑本征与淋病、第四性病有关。如前所述，本征可能继发于非细菌性尿道炎或各种病原菌所致的痢疾。
2.遗传与免疫学说 因为本征患者有血沉增快，C反应蛋白阳性，IgG、IgA及α2球蛋白增高，而且非细菌性尿道炎或肠炎后可发生无菌性滑膜炎，提示免疫因素在发病机制中具有一定作用。但目前尚未证实本征与系统性红斑狼疮一样有普遍的体液
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