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宝宝出生时缺氧是否会有后遗症要看缺氧的严重程度。如果只是轻度的缺氧，一般不会有后遗症，但如长时间缺氧，且缺氧严重，则一般会留下后遗症，应注意尽量避免这种情况出现。
宝宝出生时如果发生宫内窘迫、胎膜早破、脐带绕颈等情况，很容易导致宝宝出生时发生缺氧的现象。如果只是出现短暂性的轻度缺氧，一般对脑组织的损伤较小，甚至不会造成损伤，这种情况一般是不会留下后遗症的。
如宝宝出生时出现长时间的缺氧，则会对宝宝的脑组织造成损伤，有可能导致出现脑部水肿、缺血、坏死等情况，从而导致一些后遗症发生，包括癫痫、智力低下等，甚至部分严重的宝宝会出现昏迷、死亡。
建议女性在生产时一定要做好详细检查，为防止宝宝缺氧，必要时可采取剖宫产终止妊娠，特别是存在胎儿胎位不正、胎儿过大的情况下，如果盲目的选择顺产，很易导致宝宝出生缺氧的情况，建议应遵医嘱选择合适的生产方式。