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诺卡菌最多见的全身表现是肺部感染，肺部是最常见的原发感染部位，其临床表现是非特异性的，有发热、咳嗽、体重减轻和呼吸困难或肺脓肿形成，少数穿过胸膜波及胸壁引起瘘管;20%～40%的患者发生中枢神经系统的播散;其他播散的部位包括皮肤和皮下组织、肾、心、肝、脾、骨、淋巴结和眼。
巩膜炎：诺卡菌性巩膜炎为坏死性前巩膜炎，多与视网膜脱离硅胶垫压术有关。主要症状有眼红、眼痛、畏光、流泪、结膜囊分泌物和视力下降。眼痛程度严重、沿三叉神经分支放射，多影响睡眠，与巩膜炎症征象不成比例。发病初期视力无明显下降，随着巩膜炎症加剧，视力损害严重。体征包括：早期为巩膜炎症性斑块，呈局限性，病灶周缘反应比中心重。由于巩膜外层血管闭塞性脉管炎，病灶及其周围出现片状无血管区，受累巩膜可坏死变薄、葡萄膜外露。巩膜坏死呈进展性，若未及时治疗，巩膜病变可迅速向后和向周围蔓延扩展，甚至需摘除眼球。
诺卡菌肺部感染的临床表现和X线征象均为非特异性的，若组织刮片用缓和的Ziehl-Neelsen染色显示抗酸菌，则诺卡菌的可能性较大。没有抗酸染色细菌亦不能排除诺卡菌感染的诊断。目前尚无理想的血清免疫学诊断方法。