①内分泌性矮小：此类疾病主要是内分泌激素分泌异常所致，包括垂体生长激素分泌过少、甲状腺功能低下、性早熟、肾上腺皮质激素分泌过多等。
②骨疾病性矮小：骨发育不良引起矮小，包括软骨营养不良软骨形成不全等。
③营养、代谢性障碍矮小：个体患有慢性疾病、营养障碍、尿崩症、糖尿病等。
④精神社会性矮小：又称情感遮断性矮小。医学家指出，精神障碍可影响身高。
⑤伴有染色体异常的矮小：伴有染色体异常常可表现为矮小，如先天愚型综合征、先天性卵巢发育不全综合征等。
⑥体质性生长落后(即我们常说的晚长)：由于宫内发育迟缓或染色体异常等引起的。非疾病引起的矮小症包括家族性矮小、体质性矮小、生理性青春发育延迟等。