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巴贝虫原虫是寄生于哺乳动物和鸟类等脊椎动物红细胞内的蜱媒原生动物。巴贝虫病最常见的病原体是田鼠巴贝虫。田鼠是主要的自然保虫宿主。硬蜱科中的鹿蜱是常见的传病媒介。幼蜱吸感染鹿的血时被感染,若虫可将巴贝虫传给人。成虫蜱有时也可将巴贝虫传给人。巴贝虫进入红细胞后发育成熟,然后进行芽殖无性繁殖。被感染的红细胞破裂,释出原虫,后者又可进入别的红细胞。巴贝虫病也可经输血传染。