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本病的发病原因尚不清楚，一些作者认为胃肠道粘膜有破损时，肠道气体可自破损处进入肠壁。有慢性阻塞性肺部疾病者，气体可能自破裂的肺泡进入纵隔，并沿主动脉及肠系膜血管周围到达肠系膜、胃肠韧带和肠壁浆膜下。也有些作者认为肠道气囊肿系由于肠壁淋巴管内细菌感染形成。还有一些作者认为，营养不良食物中缺乏某些物质或碳水化合物代谢障碍等导致肠腔内酸性产物增多，可能使肠粘膜通透性增加，酸性产物与肠壁淋巴管内碱性碳酸盐结合，产生二氧化碳气体，与血中的氮气交换而形成气体囊肿。
肠道气囊肿如与消化性溃疡和幽门梗阻有关，则气囊肿位于空、回肠；如与肺部疾病有关，除肠系膜肝胃韧带外，则主要聚于回盲区，如在结肠镜后发生者则集中于结肠部位。位于浆膜下者类似肥皂泡状或淋巴瘤样，可单个分散存在或簇状，大小自数毫米至厘米不等，位于粘膜下者外观不易看到，受累肠管触诊犹如海绵样，肠壁断面呈蜂窝状。囊肿壁薄，内衬以单层扁平或立方上皮细胞，似符合扩张的淋巴管，囊肿内含气体，彼此间并不相互沟通，气体成分除氧含量少，可能与吸收有关外，余与空气相仿。