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手术治疗病人经药物食物、营养康复以及TPN治疗后仍存在严重的短肠综合征或小肠适应性变化长时间无改善时，可考虑外科治疗。外科治疗的目的是通过增加肠吸收面积或减慢肠运输时间(延缓食糜排空)以增加小肠的吸收能力。以下是短肠综合征的外科治疗方法。
(1)减慢肠运输的有关手术方式：
①小肠肠段倒置术：将一段小肠倒置吻合使倒置的肠管呈逆蠕动，能减慢肠运输和改变肌电活动，有利于营养物质的吸收倒置肠段的理想长度成人为10～15cm，婴儿为3cm，倒置肠段为末段小肠当病人残余肠段过短不能提供10cm的肠段供倒置时不宜行此手术。
②结肠间置术：利用结肠蠕动缓慢且肠段蠕动冲击少见的特点，将结肠间置于空肠或回肠间，延长肠运输时间。手术方法有2种其一为同向蠕动间置结肠国外报道11例婴儿，其中4例效果良好；其二为逆向蠕动间置结肠如同小肠间置一样，效果不肯定间置入结肠的长度无标准，范围以8～24cm为宜。
③小肠瓣或括约肌再造术：广泛切除小肠同时又切除了回盲部的病人预后极差，本术式主要为此类病例所设计。一般手术部位在残留小肠的末端，包括类似于回肠造口术样的奶头状瓣纵肌切断使环肌无阻力地收缩、小肠黏膜下隧道和末端小肠套叠术等这些术式大多会产生某种程度的机械性肠梗阻，起到减慢肠运输的作用还可预防结肠内容物逆行性反流所导致的小肠细菌过度生长。
(2)增加肠表面面积的手术方式：
小肠缩窄延长术：广泛肠切除后的适应性改变之一是残存肠段的扩张导致肠内容物淤滞和细菌过度生长而加重吸收不良因此缩窄扩张的肠段应能改善小肠的蠕动。Bianchi提出的术式是将一段小肠，沿长轴切开一分为二，并注意将肠系膜血管分开，以保持各自的血供，分别缝合成为两个细的肠管，其直径为原肠管的一半长度为原肠管的两倍。该手术方式适合肠段扩张的病人特别是患儿，但有潜在的并发症如吻合处多发粘连及狭窄。小肠新黏膜的生长：在空肠上作一切口然后以完好无损的结肠作一补片，或在全层肠壁缺损处用结肠浆膜、腹壁肌瓣或假体材料等修补黏膜从空肠切缘上长出并覆盖结肠黏膜消化吸收酶在新黏膜上产生，其分泌量可与原有空肠黏膜相等。但这种方法尚仅用于动物实验，手术过程也受到小肠部位、修补材料和生长因子等的影响。
(3)小肠移植：是治疗短肠综合征最理想和最有效的方法，其适应于需要永久依赖TPN的患者但由于较高的死亡率以及排斥反应等并发症使其尚不能在临床广泛开展其在国外已对一些病例实施本手术，有的作者施行小肠-肝联合移植术，手术成功率尚不理想美国一组71例报道手术后2年追踪，有51%病例仍存活其中有些病例已切除了移植的小肠和(或)仍依赖TPN小肠移植中的许多问题尚须探讨。短肠综合征的外科手术方式还有许多如小肠缩窄折叠术、Kimura术、小肠电起搏术肠袢再循术、小肠序列延长术等，均各有其适应证。但每种术式均有许多复杂的并发症且其效果不恒定，故应慎重考虑才能施行。
看了以上关于短肠综合征外科治疗的介绍。小编比较喜欢在将要完篇的地方跟大家聊聊跟大家分享自己的一点小感悟，或许算不上什么人生哲学、生命哲学，但是有句话叫做“我分享，我快乐。”希望大家在学习医学知识之余多体会下我们的生活感悟，这样也许，您会收获更多。