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引起肺毛霉病的真菌属于接合菌亚门,毛霉纲,毛霉目,毛霉科,由毛霉目中的其他科,如被孢霉科、小克银汉霉科、科克霉科、瓶霉科等引起。其中毛霉科中的根霉属、毛霉属、犁头霉属是引起肺毛霉病的最常见的3类真菌,而3类中又以根霉属所致的最为常见,特别是少根根霉和米根霉。