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(一)发病原因
肺泡蛋白沉着症病因未明。推测与几方面因素有关：如大量粉尘吸入(铝，二氧化硅等)，机体免疫功能下降(尤其婴幼儿)，遗传因素，酗酒，微生物感染等。而对于感染，有时很难确认是原发致病因素还是继发于肺泡蛋白沉着症。例如巨细胞病毒，卡氏肺孢子虫，组织胞浆菌感染等均发现有肺泡内高蛋白沉着。
虽然启动因素尚不明确，但基本上同意发病过程为脂质代谢障碍所致。即由于机体内、外因素作用引起肺泡表面活性物质的代谢异常。到目前为止，研究较多的有肺泡巨噬细胞活力，动物实验证明巨噬细胞吞噬粉尘后其活力明显下降，而病员灌洗液中的巨噬细胞内颗粒可使正常细胞活力下降，经支气管肺泡灌洗治疗后，其肺泡巨噬细胞活力可上升。而研究未发现Ⅱ型细胞生成蛋白增加，全身脂代谢也无异常。因此目前一般认为本病与清除能力下降有关。
(二)发病机制
1.肺泡蛋白沉着症的发病机制目前尚不完全清楚，有以下几种假设：
(1)表面活性物质清除障碍：电镜观察发现肺泡蛋白沉积物和全肺灌洗物在结构上与由Ⅱ型肺泡上皮细胞分泌的含有层状体的肺泡表面活性物质非常相似，提示肺泡蛋白沉积物可能与肺泡表面活性物质代谢障碍有关。目前大多数证据表明肺泡蛋白沉积物可能是由于肺泡表面活性物质清除障碍所致，而不是产生过多。正常情况下肺泡表面活性物质(SP)的产生与清除是一个复杂的动态过程，肺泡Ⅱ型上皮细胞不仅合成和分泌肺泡表面活性物质，而且还与肺泡巨噬细胞一道参与肺泡表面活性物质的清除，当某些因素如感染、药物等可使肺泡Ⅱ型细胞的功能发生改变，导致其对肺泡表面活性物质的清除能力降低，从而引发了表面活性物质在肺泡内的沉积。最近的研究还发现表面活性物质蛋白A(SP-A)不仅可调节表面活性物质的分泌而且还可调节肺泡Ⅱ型上皮细胞和肺泡巨噬细胞对肺泡表面活性物质的再摄取，其在PAP发病机制中的作用目前尚不清楚。
(2)肺泡巨噬细胞功能缺陷：许多学者发现肺泡蛋白沉着症患者的肺泡巨噬细胞存在着化学趋化活性低、吞噬功能和吞噬溶酶体活性下降等情况，Gonzalez等报道正常人的肺泡巨噬细胞与肺泡蛋白沉着症患者的肺泡灌洗液共同培养时，正常人的肺泡巨噬细胞就会丧失吞噬能力，提示肺泡蛋白沉着症患者的肺泡灌洗液中存在着抑制肺泡巨噬细胞的因子。最新研究表明肺泡巨噬细胞功能缺陷可能与粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)不足或与GM-CSF/IL-3/IL-5受体β链缺陷有关。
(3)继发于其他疾病：临床上有些疾病特别是血液系统恶性肿瘤可发生肺泡蛋白沉着症，如髓白血病、淋巴瘤、Fanconi贫血以及IgG型免疫球蛋白病等。虽然文献报道血液系统恶性肿瘤发生继发性肺泡蛋白沉着症的平均发病率约5.3%，但急性髓白血病患者继发该病的发生率可高达10%。与原发性肺泡蛋白沉着症不同，继发性肺泡蛋白沉着症的病变往往呈局灶型，而且症状轻微，通常不需要行支气管肺泡灌洗治疗。
(4)吸入物的异常损伤 文献报道肺泡蛋白沉着症可能与某些理化因素和矿物粉尘吸入有关，如白消安、苯丁酸氮芥、矽尘和铝尘等。动物吸入矽尘颗粒也可引起肺泡蛋白沉着症这些都提示肺泡蛋白沉着症可能与某些理化因素和矿物粉尘吸入有关，但在人类，流行病学研究尚无直接证据表明肺泡蛋白沉着症与上述物质有关。
(5)基因突变：肺泡表面活性物质相关蛋白B(SP-B)基因突变已被证实与先天性肺泡蛋白沉着症(CPAP)有关，目前已经证实SP-B基因至少存在2个突变位点，一个是第121位碱基C被3个碱基GAA所替代，另一个是第122位点上缺失了1个碱基T，两种基因突变均可导致肺泡表面活性物质中SP-B缺失，但先天性肺泡蛋白沉着症的临床表现差异很大，提示可能还有其他位点或新的SP基因突变参与。
(6)GM-CSF及其受体异常：1994年Dranoff等发现在去除粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)的小鼠肺泡有蛋白样物质沉积，之后有许多学者对此进行了研究。目前已证实肺泡蛋白沉着症患者存在着细胞因子调节平衡的失调，即IL-10表达升高和GM-CSF表达减少以及GM-CSF/IL-3/IL-5受体β链缺失的情况。
总之，肺泡蛋白沉着症的发病机制目前尚不完全清楚，上述任何一种病因均不能完全解释所有病例，需要今后进一步研究。
2.病理表现
(1)肉眼观察：肺大部呈实变，胸膜下可见弥漫性黄色或灰黄色小结节或小斑块，结节直径由数毫米到2cm不等，切面可见黏稠黄色液体流出。如不合并感染，胸膜表面光滑。
(2)光镜检查：肺泡及细支气管腔内充满无形态的、过碘酸雪夫(PAS)染色阳性的富磷脂物质。肺泡间隔正常或肺泡隔数目增多，但间隔内无明显的纤维化。肺泡腔内除偶尔发现巨噬细胞外无炎症表现。
(3)电镜检查：肺泡腔内碎片中存在着大量的层状结构，由盘绕的3层磷脂构成，其结构类似肺泡表面活性物质。