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眼角膜内皮细胞营养不良可以通过裂隙灯显检查、角膜内皮镜、活体激光共聚焦显微镜等多种方法检查。通过这些检查，不仅可以了解角膜营养不良的具体情况，而且还可以为以后的预后提供重要的指导。
眼角膜内皮细胞营养不良采用裂隙灯检查，早期病变局限于内皮及后弹力层时无自觉症状，角膜的后弹力层出现滴状赘疣，推压内皮突出于前房。后弹力层可呈弥漫性增厚。当角膜内皮功能失代偿时，基质和上皮出现水肿，视力下降，可出现疼痛、畏光及流泪。
除了上述方法以外，还可以采取眼前节光相干断层扫描等，这些检查均有助于了解清楚患病的具体原因以及病情的严重程度，帮助患者制定切实可行的治疗措施。