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临床上先天天性肛门闭锁手后大便失禁，会对患者肛门健康造成影响。很多患者都不知道自己发生了这种疾病，因此当粪便不能正常排出时，患者就需要怀疑自己发生了疾病。这个时候在治疗方式上，要有一个合理的方法，这样才能解决疾病。
先天性肛门闭锁术后会引起尿失禁，因此有必要每天训练儿童排便，长期训练会刺激肛门，可以达到控制括约肌的效果。如果训练效果不明显，则需要再次进行手术使括约肌形成，以帮助孩子控制肠功能。此外，还需要考虑孩子是否患有不能控制肠蠕动的脊髓损伤，需要在神经外科中进行诊断和治疗。先天性肛门闭锁后，如果患者出现大便失禁，可以进行主动训练，例如每天定期排便训练，进行运动提肌运动，并进行肛周电刺激，包括生物反馈治疗。
肛门闭锁需要手术，尤其是较高位的肛门闭锁，这相对难以治疗。这种情况主要通过对儿童的日常培训来改善，在饮食方面，尽量给孩子食用容易消化的食物，不要喝冷饮和损害健康的食物，养成每天按时排便的习惯，同时可以用电刺激和其它方法进行治疗。如果通过这些疗法继续改善，可能需要3个月或半年以上的时间；如果治疗无效，可以考虑进行括约肌手术，比如括约肌血管成形术和括约肌狭窄术，以治疗大便失禁。
先天性肛门闭锁的治疗方式已经了解，只要符合基本的治疗原则，就能改善好疾病。而且临床上先天性肛门闭锁治愈率达到了80%以上，但由于这种疾病对肛门健康造成了影响，所以，需要经过体表完成无创手术，在没有任何不良反应的情况下，先天性肛门闭锁才能恢复，因此患者要对治疗方法引起重视。
