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其病因多为正气虚弱，筋骨局部伤损。
骨结核是由结核杆菌侵入骨或关节而引起的化脓性破坏性病变。祖国医学因其病发于骨或关节，消耗气血津液，致使后期形体嬴瘦，正气衰败，缠绵难愈，故名骨痨。又因本病成脓之后，可流窜他处形成寒性脓肿，破溃后脓液中伴败絮状痰样物，故又名流痰。本病多见于前儿童和青少年。大多数病人年龄在30岁以下。10岁以下，特别是3-5岁的学龄儿童发病率最高。发病部位多数在负重大、活动多、容易发生劳损的骨或关节。发病于脊柱繁荣骨痨最多，约占所有骨痨的一半，其次是膝、髋、肘、踝等关节。四肢张骨干、胸骨、肋骨、颅骨等则很少发病。
骨痨在清代以前的文献中，大多混淆在阴疽、缓疽、流注、鹤膝风等病症中。直到清代，才逐步，明确地把它从阴疽、缓疽等病症中区分出来，并以“痰”命名之。如清·《疡科心得集？辨附骨疽？附骨痰？肾俞虚痰论》曰“附骨痰者，亦生于大腿之侧骨上，为纯阴无阳之证，小儿三岁、五岁时，先天不足，萨那阴亏损，又或因有所伤，致使气不得上升，血不得行，凝滞经络，乃刺破后，脓水清稀，或有豆腐花块随之而出，肿仍不消，元气日衰，身体缩小，而显鸡胸鳖背之象。清.《医门补要.腰痛日久成龟背痰》、晚清.《外证医案汇编?卷三？流痰附论》对骨痨的病因病机进一步作了较详细的论述，明确指出“痰”因正虚之体，遭外邪入侵和损伤而发。
现代一些将病变在骨骼的骨痨称之为骨结核，病变在关节的骨痨称为关节结核。