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弓形体性淋巴结炎应与细菌性淋巴结炎及恶性病变的淋巴结转移相鉴别。如伴有其他体征和全身症状时，应与传染性单核细胞增多症及恶性淋巴瘤相鉴别。尚需考虑与猫抓病、野兔热及全身性或真菌感染、淋巴细胞白血病、结节病、嗜酸性细胞增生性淋巴肉芽肿等疾病相鉴别。
弓形体性中枢神经系统病变，应与其他病原体引起的脑膜脑炎相鉴别，及脑血管病变和颅内占位性病变相区别。久治不愈的神经衰弱表现及以精神障碍为主的脑弓形体病应与其他病因的症状性精神病相鉴别。