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本病需与下面的几种疾病进行鉴别：
1.与化脓性椎间盘炎的鉴别：化脓性椎间盘炎临床上可有腰痛、发热、白细胞升高等感染的表现，发病较急，CT 片上较早出现椎间隙狭窄，骨破坏周围可见硬化，X线平片可见化脓性病变的硬化及吸收，脓肿多局限于椎体两侧，钙化较少。脊柱结核一般呈长期和隐匿性的病程，硬化改变较椎间盘炎少且程度轻。
2.与脊柱转移瘤的鉴别：脊柱转移瘤多见于老年人，一般有原发病灶，病变椎体破坏常呈跳跃性，附件多受累，椎间隙基本正常，椎旁无脓肿、死骨形成，病椎旁软组织肿块较局限。CT 对干酪样物质钙化和残留骨片及死骨的鉴别存在一定困难，测量多个CT 值，结核干酪样钙化的CT 值高于残留骨片和死骨，可能会有所帮助。
3.与脊柱真菌感染的鉴别：椎体及椎间盘的真菌感染可能侵及临近的肋骨头，常提示诊断。隐球菌性骨髓炎很少发生在脊柱，而且骨髓腔蔓延及脓肿也很少显示。在椎体骨溶解区域可显示“肥皂泡”样改变，其椎旁脓肿可发生在后纵韧带下方，比结核形成的脓肿要小，棘突和肋骨头也易受累，驼背畸形很少见。
4.与其他疾病的鉴别：骨关节结核还需与类风湿性关节炎和少见的肿瘤鉴别。类风湿性关节炎好发于手、足小关节，关节受累常为对称和多发，临床表现和病变部位的不同有助于鉴别，单关节的侵犯和隐匿性的发病过程应怀疑结核。对于不典型病例，影像学鉴别有困难的，应尽早选择病灶穿刺活检，以达到早期诊断、早期治疗目的。
