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细菌性与病毒性呼吸道感染的临床症状比较相似，但药物的治疗却不相同。因此，正确的鉴别对保证合理用药极为重要。下面从五个方面介绍细菌性与病毒性呼吸道感染的鉴别。
１、流行性病毒性呼吸道感染具有明显的群体发病的特点，短期内有多数人发病，或一家人中有数人发病；而细菌性呼吸道感染则以散发性多见，患者身旁少有或没有同时上感发热病人。 如果容易群体传染，多是病毒。细菌很少这样。因为病毒可以通过唾液飞溅等方式传播。
２、病毒性上呼吸道感染一般鼻腔流涕症状比咽部症状明显；而细菌性上呼吸道感染则扁桃体或咽部红肿及疼痛比较明显。若伴有腹泻或眼结膜充血，则倾向是病毒感染。
３、单纯病毒性呼吸道感染多无脓性分泌物，而脓痰是细菌性感染的重要证据。 为什么是这样呢，这和脓痰的形成原因很有关系。
４、病毒性感染起病急骤，全身中毒症状可轻可重；而细菌感染，起病可急可缓，全身中毒症状相对较重。如果开始发热不高，2-3天后，病情继而加重，则多为细菌性感染。 病毒感染比较急，并且症状不稳定，而细菌感染则开始轻后来重。这也是和病毒和细菌的机理和大小有关系。因为细菌个体大，所以开始进入比较缓慢，但是感染了，则后果严重。
５、白细胞计数，一般由病毒感染者白细胞总数偏低或正常，早期中性粒细胞百分数可稍高。而细菌感染时白细胞总数和中性粒细胞百分数均见高。因此，如果临床不做血像检查，就难以确定病原体是病毒还是细菌。 白细胞的多少是判断两者的区别之一。这和白细胞在人体内的作用有关。要知道原因则需要这方面的知识。
在正确区分是病毒还是细菌的基础上，才可采用适当的药物和治疗方法。一般细菌性使用抗生素治疗。而病毒性感染现在没有特殊的药品，一般靠自身的抵抗力。