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对于很多的疾病来说，虽然会对自己的身体带来一定的伤害，但是只要还有治疗方法，那么就会给患者带来无尽的希望。对于混合性厌氧菌感染来说，现代医学当中也有很多的治疗方法可以帮助患者恢复健康。
抗生素治疗
联合使用抗厌氧菌和需氧菌药物是非常必要的。由于不同地区、不同医院厌氧菌的耐药谱不同，经验用药时要根据本地区、本实验室的药敏谱选药。因此为提高疗效，减少抗生素的毒副作用，最好根据药敏试验选择药物治疗。
抗厌氧菌类药物主要为硝基咪唑类，包括甲硝唑和替硝唑等。因为便宜，副作用小，不易产生细菌耐药，所以应用广泛，其中甲硝唑使用最多。治疗厌氧菌感染时，须采用分别对需氧菌和厌氧菌敏感的药物，上述药品一般与头孢类药物合用，提高疗效。
甲硝唑对耐克林霉素的脆弱拟杆菌有效,并可避免克林霉素相关性伪膜性结肠炎.有关该药潜在的致突变作用尚未见临床后果.头孢西丁和头孢替旦对厌氧菌有广泛的抗菌覆盖面.甲硝唑,亚胺培南,美罗匹宁和β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用,在体外试验均显示最好的抗菌作用.除甲硝唑外,所有这些药物均可单独使用,因为它们也有良好的抗需氧菌的作用.
抗厌氧菌类药物的副作用，主要是消化道反应，如恶心、呕吐、头痛、头晕等。
其他一些抗生素，如青霉素、氯霉素、克林霉素、头孢类、泰能等，也有抗厌氧菌的作用。但是这些药物抗菌谱比较广，容易导致菌群失调、霉菌感染等。
引流手术治疗
对深部厌氧菌感染的治疗应包括脓液引流和外科手术切除失活组织.抗生素配合外科手术有助于控制菌血症,减少继发性或迁徙性化脓并发症,并能防止手术部位周围的感染局部扩散.
混合感染中某些菌株对抗生素耐药,抗菌疗法也仍可见效,特别当给予充分引流时,效果更好。处理混合感染中的厌氧菌可减少伤口中细菌的数量,也可减少脓肿形成的数量。脓肿或容易感染的部位,如穿孔的器官必须关闭或引流。失活的组织,异物和坏死组织必须清除。任何封闭腔隙的感染如脓胸必须引流。若可能,应重建血液供应的循环。对脓毒性血栓性静脉炎需结扎静脉并给抗菌治疗。
无论哪种混合性厌氧菌感染治疗，患者都需要根据自己的病情和身体状况进行选择，同时也要注意，如果患者对混合性厌氧菌感染这种疾病并不是十分了解的话，在治疗过程当中要严格遵照医嘱，切勿进入治疗误区。