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灰指甲通常是由红色毛癣菌、须癣毛癣菌等真菌引起。少数的灰指甲由其它丝状真菌、酵母菌引起。另外临床也有极少数的患者灰指甲是由孢子菌、镰刀菌及土色曲霉菌引起，这种情况多数是营养不良造成的。
灰指甲在感染的初期指甲会变色，指甲增厚。前期的发展很缓慢，病程的发展速度和长短和灰指甲感染的哪一种真菌有密切的关系。大多数的灰指甲病人在初期都会出现钩甲的情况，病甲生长过长，向掌拓侧弯曲，这也是灰指甲典型的初期症状。甲下角质物堆积直接的导致了指甲增厚，甲板被破坏，甲面凹凸不平。增厚的角质物脱落，又会引起甲板和甲床分离。病甲的颜色在初期也会改变，通常是白色、黄色、灰色、褐色甚至黑色。
灰指甲的真菌感染通常是从甲板的两侧或者尖端开始，多数先有轻度的甲沟炎，然后逐渐的变成慢性甲沟炎或消退。甲沟炎引起甲面有凹点或者沟纹，慢慢的影响到甲根。一旦甲板被感染后，就会形成裂纹，指甲增厚或者变脆，指甲的颜色也会变成黑色或棕色。由于甲下角蛋白和碎屑的沉积，导致指甲变松。
灰指甲的并发症很多，不光是指甲疼痛，还容易引发甲沟炎、甲床炎、手指脓皮病等并发症。严重的时候还可能发生丹毒或者蜂窝组织炎等器官和组织的感染。女性患有灰指甲还可能会传染到阴部，引发霉菌性阴道炎和白色念珠菌性阴道炎。而且灰指甲也很容易传染，传染给自己身体的其它部位，也会传染给身边亲密接触的人，因此，得了灰指甲，要尽快的就医，不要以为只是影响了美观那么简单，要尽快进行及时有效的治疗，以防影响自己和身边的亲人。
