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致病性自生生活阿米巴性角膜炎，早期须与单孢病毒性角膜炎的上皮病变型相鉴别。此时误诊率较高，对初次发病的上皮性病变、有迁延不愈倾向，同时有外伤或角膜接触镜配戴史的患者要高度怀疑，并及时行角膜刮片细胞学检查，有利于鉴别诊断。当角膜基质浸润及溃疡形成时，要与单孢病毒性盘状角膜炎、细菌及真菌性角膜炎相鉴别，眼部剧烈的疼痛史或放射状角膜神经炎的出现都有助于鉴别诊断。近年来角膜共焦显微镜的应用，为棘阿米巴性角膜炎的早期快速诊断提供了新的手段。通过角膜共焦显微镜，可在活体角膜中观察到棘阿米巴包囊，有助于临床诊断。但共焦显微镜检查阴性，并不能完全否定临床诊断。