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1.亚急性甲状腺炎 在早期很难鉴别，甲状腺部位逐渐或突然疼痛肿胀，常有病毒感染史，发热，严重病例表面皮肤有红斑和热，轻到中度甲状腺肿大(常常不对称)，不侵及邻近组织。甲状腺明显触痛，急性期血沉加快，甲状腺功能升高，吸碘率降低，有甲状腺毒症表现，白细胞升高不常见，阿司匹林常常能缓解症状，类固醇激素效果更好，常常是自限性，持续数周至数月，不需要外科治疗，可有暂时性甲状腺功能低下。发热、白细胞增加、核左移、甲状腺功能正常提示急性甲状腺炎的诊断，超声和CT的应用有助于早期发现脓肿以明确诊断。
2.急性感染性疾病 急性化脓性淋巴结炎、感染性甲状舌管或鳃裂囊肿、喉软骨炎、前颈部蜂窝织炎或脓肿、路德维希咽峡炎(脓性颌下腺炎)、咽后间隙脓肿、甲状软骨膜炎。
3.恶性肿瘤 迅速增长的未分化甲状腺癌与AST有类似的临床表现，颈前区疼痛、触痛、发热、呼吸困难。诊断时年龄较大、甲状腺右叶受累、病变范围大、贫血、甲状腺穿刺液的无菌培养、抗生素不能改善症状应怀疑恶性肿瘤。甲状腺活检组织学检查能明确诊断。转移癌、未分化甲状腺癌和食管癌因为肿瘤坏死或有瘘管通向甲状腺部位、喉癌伴软骨侵袭可有类似AST的表现。
4.甲状腺腺瘤、囊肿或甲状腺癌急性出血。
