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1.急性钙化性关节旁炎症 急性起病时局部有剧烈的疼痛与触痛，伴有红肿与皮温的增高，这些需要与痛风、假性痛风和化脓性关节炎相鉴别。本病主要累及肩关节旁、股骨大转子、肘关节的上髁、腕关节(尤其是豆状骨周围)和膝关节周围，X线在肩关节旁的钙化灶，常常位于回旋套上，这些好发部位与上述疾病的好发部位有着很大的不同，有助于临床上的鉴别。而如果能动态地观察患者发作部位的X线改变，则更有助于本病的诊断，即在急性期发作部位，原来存在的较为清晰的钙化灶突然变小甚至消失，则高度提示本病的可能，而其他晶体性关节病在急性期钙化灶的X线表现往往十分明显。如果本病的临床症状和X线表现不典型，则需要抽取关节液在镜下寻找典型晶体做出诊断。
2.慢性关节旁综合征 本病的慢性期主要是慢性肌腱炎的表现，在临床上需要与其他疾病所导致的肌腱炎相鉴别，除本病特有的好发部位外，局部的X线检查往往会发现较为明确的钙化灶，但一般情况下不主张进行局部活检来明确诊断。
3.急性和慢性关节炎 正如前面所提到的那样，碱性磷酸钙在关节内沉积所引起的关节炎除非在关节液中找到碱性磷酸钙存在的证据，否则并不给出明确的诊断。而且在临床上本病常和其他关节病，特别是骨关节炎合并存在，本病的诊断往往并不影响对于后者的治疗，有些医学专家建议在实际情况中可以先不考虑本病的诊断，而先治疗其合并的关节病。
4.老年患者的破坏性关节病变 本病需要与Charcot关节炎、慢性化脓性关节炎、晚期类风湿关节炎、骨坏死以及破坏性焦磷酸关节炎相鉴别。除本病的特殊好发部位(肩、膝关节等)外，临床上不伴有神经系统疾病的特点，可将本病与Charcot关节病鉴别开;关节液的普通镜检与培养可将其与化脓性关节炎区分开来;而相差偏振光显微镜下寻找晶体则有助于和其他晶体性关节病进行鉴别;与骨坏死的鉴别则需要拍摄关节的X线平片，除一些关节退化的特异性表现外，本病的关节线的双侧都可被累及，而与骨坏死不同。几种结晶关节炎的鉴别诊断(表2)。