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对双眼病例应注意家系调查，同时应注意与巩膜脉络膜钙化(sclerochoroidal calcification)、眼内骨化(intraocular ossification)、脉络膜血管瘤、脉络膜转移癌、眼内淋巴瘤、无色素的脉络膜恶性黑色素瘤和脉络膜的炎症等相鉴别。
1.巩膜脉络膜钙化 临床表现为轻度隆起的眼底黄白色地图状病灶，CT及超声波检查可见与脉络膜骨瘤相同的影像。但巩膜脉络膜钙化多见于中老年患者，病灶多位于周边部眼底，表面有时呈现火山岩状隆起。患者可伴有以低钾性代谢性碱中毒为特征的常染色体隐性遗传性综合征。组织病理学检查病灶主要为无细胞、不定形的嗜碱性物质。
2.眼内骨化 常发生在由外伤、炎症或先天性发育异常等原因所致的长期萎缩眼内，CT和超声波检查可见与脉络膜骨瘤相同眼内骨质影像。但眼内骨化常因并发性白内障或其他的眼前段异常而无法查见眼底，影像学检查眼轴短于正常眼，视力丧失及病史有助于鉴别诊断。组织病理学检查在化生的骨质中，多无血管成分，亦无脉络膜骨瘤中所见到的成骨细胞和破骨细胞，仅有少量的类似骨细胞样的细胞，其细胞核小且浓缩，表明该骨质本身无增长能力。
3.脉络膜血管瘤、脉络膜转移癌、眼内淋巴瘤和无色素的脉络膜恶性黑色素瘤 形态皆非地图状，表面圆滑无丘陵状起伏，可伴有浆液性视网膜脱离。
4.脉络膜炎症 常有玻璃体的细胞浸润，CT及超声波检查有助于与这些疾病的鉴别诊断。