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(一)治疗
1.杀灭埃及血吸虫药物
(1)吡喹酮(praziquantel)：对埃及、日本、曼氏血吸虫均有效。40 mg/kg，一次服用，或分2次服用。
(2) 尼立达唑(niridazole)：对埃及及曼氏血吸虫皆有效。O.25mg/kg，分2次服用，疗程7天，最好同时服用地西泮2.5mg，3次/d，以减轻不良反应。
(3)美曲膦酯(敌百虫，metrifonate)：150～200 mg栓剂，1次/d，由肛门向直肠内推进8～10cm，采用头低臀高卧位半小时，连续3天。
2.并发症的外科治疗
(1)早期输尿管壁段狭窄：经膀胱镜扩张或行输尿管口切开，远期疗效不佳，常会再度狭窄，多主张行输尿管膀胱吻合术。如果合并输尿管下段狭窄也可切除，行输尿管膀胱瓣吻合术。
(2)一侧输尿管中段以下狭窄过长，多不主张行输尿管与对侧输尿管吻合术。因为血吸虫病常常累及双侧输尿管，远期会形成双侧狭窄，故主张回肠代输尿管术。双侧输尿管中段以下狭窄，可用一段回肠做“Y”型吻合替代双侧输尿管。
(3)无张力的巨输尿管、输尿管狭窄同侧脓肾或排泄性尿路造影示同侧肾无功能，皆应先行肾造口术引流一段时间，待肾功能恢复后，再考虑进一步治疗，不应急于做肾切除术。
(4)双侧输尿管梗阻而突然发生无尿，应急诊行膀胱镜检查及输尿管插管引流。如果插管失败，应急诊行肾造口术。
(5)膀胱颈部挛缩，可经尿道切除挛缩的瘢痕。
(6)挛缩膀胱可考虑行结肠扩大膀胱术或回肠膀胱术。
(7)膀胱发生癌变时应行膀胱癌根治性切除术。
(二)预后
大多数患者都属于轻症感染，其预后良好，但埃及血吸虫病的发病率及病死率乃取决于感染度，在发生率低、尿路阻塞少的尼日利亚，病死率为0%，而在过去埃及的感染率高时，病死率可达10%，在严重病例及无功能肾的患者中，病死率可达50%。患者可死于双肾积水伴尿毒症。新的有效药物改善了埃及血吸虫的预后，儿童的活动性感染及息肉病变可以很快治愈，息肉所致的尿路阻塞在治疗后的2～6周内可完全缓解。
外来的企业人员及旅游者往往是单次少量接触疫水，即使他们排出虫卵量很大，但患者对治疗的反应却很好。