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患者多体质虚弱，免疫功能下降或患有其他慢性疾病。常发生尿路感染，尿培养最常见的是大肠埃希杆菌，其次为变形杆菌、克雷白杆菌和混合感染。肾脏软斑症常表现发热、腰痛和腰部肿块，膀胱软斑症可有膀胱刺激症状和血尿，膀胱镜可见病变多分布在两侧壁，为散在或群集的浅黄色或灰黄色至褐色柔软天鹅绒样或轻度隆起的斑块，大小为0.1～0.3 cm，表面一般被未损害黏膜所覆盖，也可有浅表溃疡，病变进一步发展，成霉变、僵硬，形成广基肿块。输尿管受累可致狭窄，引起肾功能损害甚至无功能。肾实质软斑症少有扩散到肾周围间隙，但可并发肾静脉和下腔静腔血栓。睾丸受累时可出现睾丸附睾炎，前列腺软斑症罕见，一旦发生，易与前列腺癌混淆。
除病史中有尿路感染外，主要根据尿液显微镜检查发现典型的Michaelis-Gutmann小体组织细胞。