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可选用如下药物：
1.甲硝唑为高效低毒副作用小的硝基咪唑类药物，是目前治疗各型阿米巴病的首选药。成人每次口服400～800mg，每日3次，10d一疗程。若每次用800mg宜谨慎。儿童每日50mg/kg，分3次口服。
2.依米丁每日2次，每次30mg，深部肌内注射，10d为一疗程。重复治疗者需间隔1月。本药毒性较强，常见的副作用是心肌损害、多发性神经炎和消化道症状。对孕妇、婴儿、年老体弱者和心、肾功能不全者禁用。
3.氯喹第1～2d，每日1g，以后每日0.5g，儿童10mg/kg，分2次口服，治疗14～21d。
4.卡巴胂每日0.3—0.6g，儿童8mg/kg，分3次口服，10d为一疗程，重复使用需间隔10d。
5.泛喹酮又称安痢平。每日300mg，分3次口服，10d为一疗程。
6.喹碘方每日1.5—3g，儿童42mg/kg，分3次口服，10d一疗程。
7.抗生素并发细菌感染时可选用四环素、红霉素、新霉素、巴龙霉素等，10d一疗程。
8.中草药①鸦胆子：每次10～15粒，儿童每日每公斤1粒，捣烂装入胶囊，分3次口服，7d为一疗程。②白头翁：每日取其根茎15～30g加水煮5分钟，分3次口服，10d为一疗程。③大蒜：每日生食大蒜一头或每日3次，每次2g，也可取紫皮大蒜5～10g，捣烂浸入100mL热水中，纱布过滤，取滤液保留灌肠，每晚1次，5～10d为一疗程。
9.局部外用药每日清洗患处，选用广谱抗生素溶液湿敷或外敷甲硝唑软膏。亦可根据皮损情况进行外科清创术、切除术、植皮术或电灼、激光等治疗。