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病原学诊断主要根据呼吸道分泌物、痰、血或胸腔积液检查和培养、特异性抗体的检测、PCR检测出特异的病原体DNA等方法。目前对于肺炎衣原体肺炎尚无既敏感又简易，便于推广的确诊方法。鹦鹉热肺炎主要根据有无职业史、接触史，血和支气管分泌物作细菌培养来发现病原体。双份血清抗体滴度有4倍增加或单次效价1∶64以上有诊断价值。目前采用直接免疫荧光法的敏感性和特异性高。
胸部X线检查：可了解肺炎涉及部位及程度，对估计病情及病原体有帮助。大叶性肺炎X线表现为肺实质病变所致的致密大片均匀阴影，并可见支气管气道征。小叶性肺炎X线表现为沿肺纹理分布的不规则小片状或斑点状边缘模糊阴影。间质性肺炎X线表现为一侧或双侧肺下部纤细的、密度增高的不规则条索状阴影，自肺门向外伸展、交织成网状，中间有弥散性小点状密度增高的阴影，两侧肺门淋巴结增大，边缘模糊。妊娠期一般不宜做X线检查，确须做检查时腹部应加以防护。