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1.急性眼-皮肤病变葡萄球菌感染烫伤综合征容易与毒性表皮坏死溶解型Stevens-Johnson综合征相混淆。由于这两种疾病的治疗及预后有明显区别，所以其鉴别诊断就非常重要。葡萄球菌感染烫伤综合征常发生在儿童。临床上这种患者的皮肤压痛明显而全身毒性症状不明显。葡萄球菌感染烫伤综合征患者的表皮能够迅速再生，并恢复其屏障功能。未发现有黏膜损伤，且表皮的剥脱仅限于表层。该疾病的起因是由于葡萄球菌释放某种毒素，而这种毒素能够引起表皮的损害。对于葡萄球菌感染烫伤综合征，可以使用适当的抗生素来治疗。
毒性表皮坏死溶解Stevens-Johnson综合征还要与中毒性休克、川崎病、Leiner病和继发于其他疾病的红皮病相鉴别。另外还要注意热烧伤或中毒所引起的接触性皮炎。
2.慢性眼部病变毒性表皮坏死溶解型Stevens-Johnson综合征与瘢痕性类天疱疮非常相似。瘢痕性类天疱疮患者的睑球粘连比较常见，而Stevens-Johnson综合征则比较少见。在毒性表皮坏死溶解型Stevens-Johnson综合征的慢性期，典型皮肤病变有助于其诊断。在Stevens-Johnson综合征，眼部黏膜可出现与瘢痕性类天疱疮相似的慢性瘢痕，而且其持续的最长时间可达31年。瘢痕性类天疱疮患者的黏膜活检可发现基底膜的线状免疫沉着物。
慢性眼部病变的鉴别诊断还包括由细菌、药物、变应原、化学烧伤、维生素A缺乏等引起的慢性角结膜炎和沙眼等。仔细询问病史有助于与Stevens-Johnson综合征的鉴别诊断。