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病因迄今未明。由于病变组织中有大量嗜酸性粒细胞广泛浸润,多数患者周围血中嗜酸性粒细胞增多,约50%的患者有个人或家庭变态反应史,故本病可能系对内、外源性过敏原发生全身或局部性变态反应而致。血清中免疫球蛋白IgG、IgA增高,亦说明有免疫反应参与。
某种特殊过敏原与胃肠黏膜敏感组织接触后,在胃肠壁内发生抗原、抗体反应,释放出组胺类血管活性物质,引起胃肠黏膜充血、水肿、嗜酸性粒细胞浸润以及胃肠平滑肌痉挛和黏液分泌增加从而引起一系列胃肠症状。